El 16 de julio de 1936, un día antes del comienzo de la Guerra Civil que asoló el país durante tres largos años, Blas Taracena salió de Soria rumbo a Santander, con permiso solicitado y concedido según reglamento, y dos días después, cuando se apreció su ausencia, accedió a la dirección del Museo Numantino Agustín Ruiz Cabriada, en esos momentos jefe propietario del Archivo de Hacienda y de la Biblioteca Pública de Soria. Se ha de suponer que tal nombramiento fue posterior y si bien la fecha de referencia fue siempre la citada, el asunto partió de la disposición dictada por el Comandante Militar de la Plaza, en los primeros días de agosto, mediante la cual «cesaban en sus destinos» los individuos que tras el pronunciamiento no hubieran acudido con normalidad a prestar servicio en los organismos a los que estuvieran adscritos.  
El 10 de noviembre el rector de la Universidad de Zaragoza citó al jefe del Museo Numantino, Blas Taracena, entre los funcionarios suspendidos de empleo y sueldo y, poco más tarde, la Comisión depuradora creada al efecto en Soria, con nombres otrora tan cercanos al propio depurado como Concepción Sánchez Madrigal, Enrique Menchero Baquerizo y Rafael Arjona y García-Alhambra, propuso a la Junta Técnica del Estado su «separación definitiva» del cargo que en el Numantino venía desempeñando desde julio de 1915. Por fortuna aquella decisión no prosperó y la sanción quedó en la no recuperación económica del sueldo del año suspendido y en su traslado inmediato al Museo Arqueológico de Córdoba, acto que cumplió a partir del 15 de julio de 1937. 
Dicho lo cual, y contra lo que pudiera parecer y se ha escrito, el tiempo bélico en absoluto fue «un periodo impreciso» para los museos sorianos. Es verdad que los salones del palacio de la Diputación ocupados por el Museo Celtibérico fueron cedidos al Estado Mayor para cubrir las necesidades de la guerra, lo que obligó a almacenar los objetos arqueológicos en una única sala; y que el pabellón-vivienda del director del Museo Numantino fue incautado, desde principios de 1937 y sucesivamente, por un Juzgado militar, la Estafeta militar, la Junta provincial de Transporte y la Farmacia militar, pero éste, como certificaría el propio Taracena en la visita técnica que como inspector de Museos cursó el 2 de septiembre de 1938, mantuvo sus puertas abiertas al público consiguiendo un número de usuarios similar o superior al de los años precedentes. 
Incluso algunos años más tarde, cuando se habían superado los efectos violentos de la guerra y un nuevo inspector de Museos [Joaquín María de Navascués] giró la correspondiente revista, no dudó en hacer constar en acta y felicitar a Ruiz Cabriada por haber logrado, con su esfuerzo personal, «conservar intactos edificio y colecciones» y haber evitado «la incautación de aquel para fines totalmente ajenos a su condición». Precisamente es sobre este punto donde en los últimos meses hemos localizado información archivística que nos aporta nuevos datos o, al menos, nos ayuda a confirmar lo ya sabido hasta ahora.
 Es muy curioso, por ejemplo, el primero de los documentos que aquí se presentan, en el que, ante la petición del gobernador militar de la provincia [Joaquín García] el inspector de la Policía Urbana [Francisco Mozas] informa al alcalde de la ciudad [Carmelo Monzón] de que la única casa que reunía condiciones «para oficina y vivienda» de un oficial de la F.E.T. «era la señalada para el director del Museo Numantino», que entonces ocupaban dos soldados de Recuperación. Como también lo es el segundo de los oficios, así mismo inédito, en el que, con la firma del propio gobernador militar, el soriano Joaquín García de Diego, se muestra lo solicitado que estaban los locales del Numantino que teniendo alojado al Servicio de Recuperación de Automóviles del Ejército del Centro se pretendía instalar a la Junta de Defensa Privada. 
Es claro que la guerra paralizó la actividad arqueológica pero no la pedagógica, y el establecimiento del Paseo del Espolón –muy pronto, del General Yagüe– no sufrió más que el rutinario, y casi constante, deterioro del pavimento del despacho de la dirección y de la entrada a la tercera sala, así como la rotura de algunas tejas y el rajado de cristales en vitrinas y ventanas. 
Donde en verdad sufrió el Numantino, pese al supuesto buen trabajo de los sucesivos directores y conservadores en la funcionalidad y gestión del mismo, fue en la estabilidad de su plantilla pues, entre el 16 de julio de 1936 que salió Blas Taracena y el 15 de septiembre de 1944 que llegó Ricardo Apraiz, casi hubo más directores que en toda su historia. El caso más singular, y extremadamente curioso, fue el que efectuó la Junta Técnica del Estado a favor de Julio Vidal Compaire el 6 de noviembre de 1937, cuando este estaba agregado a la Biblioteca Popular de Zaragoza y Taracena llevaba ya cuatro meses al frente del Arqueológico de Córdoba. 
El nuevo director –hombre «de gran cultura y gran cordialidad», según se escribía de él en ABC el 17 de junio de 1933 siendo secretario de la Biblioteca Nacional– no llegó a posesionarse del cargo, y la propia Junta lo reubicó doce días más tarde en la misma Zaragoza, en el Servicio Central de Antecedentes de la Auditoria del Ejército de Ocupación. Este hecho obligó al soriano Ruiz Cabriada a multiplicarse en los cargos y dedicar al Museo Numantino al menos un par de horas al día, pese a lo cual llevó a cabo un intenso programa público de «vulgarización de la Historia del Arte Español» y de difusión de la lectura. En esta última tarea fue bien sustituido por Asunción Martínez Bara, bibliotecaria y notable colaboradora en época republicana de la grandiosa y excelsa María Moliner. 
Martínez Bara llegó al Numantino tras un doloroso expediente de depuración que redujo su salario a la mitad y le obligó a aceptar los destinos que para ella dispusiera la Superioridad. Su tiempo soriano, entre  1939 y 1946, estuvo interrumpido por un periodo breve, del 2 de diciembre de 1941 a 10 de julio de 1942, en que, como ella, ocupó la plaza de forma accidental la conservadora del Museo Arqueológico Nacional Isabel Clarisa Millán García, próxima al comisario general de Excavaciones Arqueológicas Julio Martínez Santa-Olalla. Tan largo proceso de interinidades –en el que incluso habría que añadir la de otra bibliotecaria republicana, Mª Luisa Fernández Noguera, que ocupó los espacios intermedio entre un nombramiento y otro– redujo la actividad museística a las meras tareas funcionales y de reparación del edificio como bien reflejan los partes trimestrales de trabajo que por obligación se enviaban al Ministerio de Educación Nacional. Y sin embargo, debe recordarse que Millán García utilizó sus conocimientos en numismática para adecuar las colecciones del Numantino y Martínez Bara no paró hasta conseguir que el Museo Celtibérico, pese a las «vicisitudes sufridas» durante la guerra, volviera a abrir sus salas al público, cosa que ocurrió con efectividad a partir del 29 de septiembre de 1941.
El 15 de septiembre de 1944, tras superar las oposiciones al Cuerpo facultativo de Archiveros, Bibliotecarios y Arqueólogos, tomó posesión de la dirección del Museo Numantino Ricardo de Apraiz Buesa al tiempo que cesaba Mª Asunción Martínez Bara, pero esta, antes de regresar a su Huesca natal por traslado con fecha 30 de noviembre de 1946, aún seguiría en Soria al frente de la Biblioteca Pública y de los archivos de Hacienda y Municipal. En las mismas oposiciones que Apraiz obtuvieron plaza los sorianos José A. Pérez-Rioja, Francisca Ruiz Pedroviejo y Luz Navarro Mayor. El primero tuvo destino en Oviedo, pero la marcha de Martínez Bara le permitió volver a Soria y cubrir los cargos que esta dejaba, especialmente la Biblioteca Pública de la que sería su director hasta su jubilación. Ruiz Pedroviejo inició sus prácticas en los museos de Córdoba y Sevilla y, antes de dirigir el Museo de Málaga, acompañó algún tiempo a Apraiz (de julio de 1945 a diciembre de 1947) en las tareas del Numantino. Y  Navarro Mayor, que empezó dirigiendo el Museo de Girona y llegaría a jubilarse al frente del Gabinete Numismático del primer museo del país, fue sobre el papel y por unos meses (entre mayo y julio de 1950) conservadora del nuestro Museo, cargo del que nunca llegó a tomar posesión pues, por entonces, prefirió las clases de latín que impartió en el instituto de la ciudad hasta el momento mismo, 1960, en que arribó al referido Museo Arqueológico Nacional.  
Los más de 100 años de Historia del Museo Numantino dan, como se está viendo con esta serie periodística, para mucho. La Guerra y la postguerra trajeron sus cosas; y es evidente que estas mujeres, a las que otros autores añadirán nuevos nombres (como Marta Sierra Delage o como Marian Arlegui Sánchez), dejaron honda huella en su quehacer.